针对进深12米，开间13米的二层农村自建房，不带挑空，不带厨房餐厅的设计，建议将一层设计为生活起居区与公共活动区，二层设计为私密休息区。一层可设置客厅、卫生间、楼梯间及储物间等；二层则安排卧室、书房及卫生间等。确保空间利用合理，功能布局明确，同时满足居住者的日常生活需求。

在设计这样的农村自建房时，我们首先要考虑的是空间的合理利用和功能布局的明确性。由于不带挑空和厨房餐厅，我们需要更加灵活地规划每层的功能区域。

对于一层的设计，考虑到日常生活起居和公共活动的需求，可以设置一个宽敞明亮的客厅，作为家庭成员和访客聚集交流的地方。客厅的位置最好靠近房屋的入口，方便进出。此外，一层还应设置一个卫生间，方便日常使用，以及一个楼梯间，用于通往二层。如果有剩余空间，可以设置一个储物间，用于存放杂物和日常用品。

二层则主要用于私密休息和学习工作。可以设计多个卧室，根据家庭成员的需求和喜好来布置。每个卧室都应确保有足够的采光和通风。此外，还可以在二层设置一个书房或工作间，供居住者学习、工作或阅读使用。书房的位置应相对安静，以提供良好的学习环境。二层同样需要设置一个卫生间，以满足居住者的日常需求。

在设计过程中，还应考虑房屋的采光、通风和保温性能。合理设置窗户和通风口，确保室内空气流通。同时，选择适当的保温材料和构造方式，以提高房屋的保温性能，降低能耗。

总之，这样的农村自建房设计应注重空间的合理利用、功能布局的明确性和居住的舒适性。通过灵活规划和精心设计，可以打造出一个既实用又舒适的居住空间。