物业公司在发现业主在多层住宅的梁上打孔的行为后，应立即要求业主停止装修，并根据《住宅室内装饰装修管理办法》的规定，通知业主进行整改。

具体步骤如下：

1. 物业公司应立即联系业主，要求其停止装修。

2. 通知业主详细说明情况，下达“整改通知”，要求业主给出可行、安全的修补及整改方案，并明确一切责任由私自打孔的业主承担。

3. 限期整改，并要求业主本人签字、按手印，复印存档或拍照留证。

4. 如果业主不在场或装修师傅在场但不愿配合物业工作，物业公司可以暂时停水、停电强制要求整改。

5. 如果业主拒绝整改，物业公司应将情况上报给所在地区的房管部门或住建局。

需要注意的是，根据《住宅室内装饰装修管理办法》的规定，严禁未经原设计单位或具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，变动建筑主体和承重结构(梁、柱、承重墙体等)。因此，如果业主在装修时未经物业公司同意，在梁上打孔，可能会涉及违法，应立即停工整改。