在日本免治马桶普遍使用的同时，也衍生许多环保的问题。大家都知道日本对于节能观念及效率，与北欧许多小国ㄧ样，远远领先美国及其他富国，人均耗能约仅美国一半，温室效应气体排放的增长速率也低于各工业国，唯独居家能源消耗量却不断增加，祸首之一就是这风行日本的「免治马桶」。

80年代，这种耗电的马桶在日本相当罕见，但现在的普及率已近70%，统计显示马桶耗电量约占居家全部耗电的4%，比洗碗机或干衣机还高。日本政府因此相当注意到马桶耗电的问题，也知道无法让民众为了节能而牺牲舒适和卫生。因此转而要求制造厂商设计节能马桶，而且订定的节能标准愈来愈严格，因此现在市场推出的商品则都是结能省电的产品。其中，最新的发明是让马桶配备所谓「学习程式」，就是能够记住居家成员的如厕时间，时间快到了才加热马桶座和水，平常就待机省电。