马桶的深层污垢主要指的是长时间不清洁或者清洁不彻底留下的污渍和细菌，有时候可能会导致排水不畅、异味等问题。处理深层污垢的方法如下：

1、使用专门的清洁剂进行清洁。市面上有很多针对马桶清洁的专业清洁剂，可以选择一些效果好、对马桶损害小的产品，按照说明使用即可。

2、使用泡沫清洁剂。泡沫清洁剂是将泡沫喷到马桶的内壁上，等待一段时间后再用刷子刷洗，可以清洁到马桶内部的角落和缝隙。

3、使用硬质清洁器具。一些硬质的清洁器具，如保洁棒等可以清洁马桶的深层污垢，但注意不要过度用力损伤马桶表面。

4、考虑更换马桶。如果马桶内部的结构已严重受损，或者清洁效果不佳，可以考虑更换一块新的马桶。

维护清洁卫生的重要性不容小觑，平时要多加注意，避免马桶产生深层污垢，保持家庭健康和舒适。