厦门市国土资源与房产管理局直属分局设有多个内设机构，各司其职，保障日常工作的有序进行。

首先，办公室负责统筹协调全局工作，包括规章制度的制定与执行检查，以及内部的思想政治、人事教育、纪检、安全保卫等事务。它还负责宣传、文秘、接待、政务信息、保密、档案管理、固定资产、后勤保障和财务等工作，确保各部门的后勤支持与财务秩序。

接着是用地矿产管理科，主要负责土地利用、矿产资源规划和管理工作，包括土地利用总体规划、年度计划等编制与审批，耕地保护，农用地转用管理，建设项目预审，土地使用权转让审查，征地管理和采矿权登记等。同时，还负责地质灾害防治和矿产资源的监管以及相关费用的征收。

房产权籍管理科专注于住房制度改革，监督房改政策执行，收集、统计住房信息，协调房屋安全鉴定、危房改造等工作。此外，它还负责划拨土地上单位自管房和私房的管理工作，房地产市场管理和地政、房政资料管理，以及权属确认、登记等工作，处理权属纠纷和历史遗留问题。

最后是执法监察科，其核心职责是监督和执行法律法规，对土地、矿产资源和房屋的违法行为进行执法监察，调解纠纷，对业务行为进行监督，处理行政争议案件，协助司法部门执行执法任务，确保工作人员依法履行职责。