选择适合的容器是关键。适合屋顶种菜的容器应该是宽大且透气性好的，比如种植箱、大瓦盆或木箱等。应避免使用发泡箱和塑料盆，因为这些容器可能导致根部腐烂和霉变问题。塑料盆不透气，容易导致根部腐烂，并且在阳光照射下可能会加热土壤，使蔬菜枯萎。此外，塑料盆不耐晒，容易老化。

对于阳台种菜，理想的容器是种植箱。选用以PP料制成的种植箱，加入了抗氧化剂和紫外线吸收剂，能够延长使用寿命，在室外环境下可使用超过8年。种植箱的底部是不透水的，设有2.5厘米的储水区。当水量超过此区时，多余的水会通过侧面的镂空挡板排出，而细密的网孔则防止种植基质流失，同时利于根系呼吸和土壤的通风透气。

在屋顶种植蔬菜时，首先需了解屋顶的承重能力，避免破坏房屋结构。一般而言，能承受人重的钢筋混凝土楼顶的承重能力为150公斤/平方米。种植土每立方米的重量大约在1吨至1吨半，意味着土层厚度达到15厘米左右即达到屋顶的荷载极限。

防水是屋顶种菜的另一个关键考虑。老旧房屋的防水层可能已老化，需重新施工以确保防水效果。新建小区通常使用新型防水材料，但双重保护总是明智的。选择塑料或陶瓷等容器代替泡沫箱，并确保有有效的排水系统以防止积水。

化学杀虫剂应避免使用，以保证蔬菜的健康环保。可采用生物杀虫方法，如大蒜汁或辣椒水。城市中的土壤可能含有农药和重金属残留，不宜用于种植食用蔬菜。靠近马路的屋顶菜地会受到空气污染，不适宜种植。考虑使用硅肥来防止重金属被植物吸收。